S
- (Okres Český Krumlov) Srnín
- (Okres Jindřichův Hradec) Staňkov
- (Okres Český Krumlov) Světlík
- (Okres Písek) Skály
- (Okres Písek) Smetanova Lhota
- (Okres Strakonice) Stožice
- (Okres Český Krumlov) Soběnov
- (Okres Písek) Slabčice
- (Okres Tábor) Sviny
- (Okres České Budějovice) Strážkovice
- (Okres Prachatice) Strážný
- (Okres Český Krumlov) Střítež
- (Okres Tábor) Slapy
- (Okres Tábor) Smilovy Hory
- (Okres Jindřichův Hradec) Stříbřec
- (Okres České Budějovice) Svatý Jan nad Malší
- (Okres České Budějovice) Sedlec
- (Okres České Budějovice) Slavče
- (Okres Prachatice) Svatá Maří
- (Okres Jindřichův Hradec) Staré Hobzí
- (Okres Jindřichův Hradec) Střížovice
- (Okres Tábor) Stádlec
- (Okres Jindřichův Hradec) Stráž nad Nežárkou
- (Okres Strakonice) Střelské Hoštice
- (Okres České Budějovice) Srubec