S
- (Okres Strakonice) Sedlice
- (Okres Český Krumlov) Sedlice
- (Okres Prachatice) Stachy
- (Okres Prachatice) Strunkovice nad Blanicí
- (Okres Písek) Sepekov
- (Okres Jindřichův Hradec) Strmilov
- (Okres Jindřichův Hradec) Studená
- (Okres Jindřichův Hradec) Slavonice
- (Okres Jindřichův Hradec) Suchdol nad Lužnicí
- (Okres Tábor) Soběslav
- (Okres Tábor) Sezimovo Ústí
- (Okres Strakonice) Strakonice