- Strouhy
- Strpí
- Stružinec
- Studánky
- Studenec
- Studné
- Studnice
- Stupka
- Stupná
- Suchdol
- Suchdol
- Suché Vrbné
- Sudkovice
- Sudoměř
- Sudoměřice u Bechyně
- Sudoměřice u Tábora
- Sudslavice
- Sumrakov
- Suš
- Svachova Lhotka
- Svánkov
- Svaryšov
- Svatá Anna
- Svatá Magdalena
- Svatá Maří Magdalena
- Svatkovice
- Svatonice
- Svatonina Lhota
- Svatý Tomáš
- Svébohy