S
- (Okres Prachatice) Schobrův Dvůr
- (Okres Český Krumlov) Savlova Lhota
- (Okres Prachatice) Samoty
- (Okres Jindřichův Hradec) Samosoly
- (Okres Prachatice) Saladín
- (Okres Český Krumlov) Safleřov
- (Okres Český Krumlov) Sádlno
- (Okres České Budějovice) Staré Hodějovice
- (Okres Český Krumlov) Svatý Tomáš
- (Okres České Budějovice) Strýčice
- (Okres Tábor) Svrabov
- (Okres Strakonice) Skály
- (Okres Jindřichův Hradec) Smržov
- (Okres Písek) Stehlovice
- (Okres Strakonice) Strunkovice nad Volyňkou
- (Okres Tábor) Slapsko
- (Okres Strakonice) Slaník
- (Okres Jindřichův Hradec) Světce
- (Okres Tábor) Skopytce
- (Okres České Budějovice) Střížov
- (Okres Strakonice) Skočice
- (Okres Strakonice) Strašice
- (Okres Strakonice) Sousedovice
- (Okres Prachatice) Stožec