S
- (Okres Písek) Stará Dobev
- (Okres Tábor) Staniměřice
- (Okres Jindřichův Hradec) Stálkov
- (Okres Jindřichův Hradec) Stajka
- (Okres Písek) Srlín
- (Okres České Budějovice) Spolí
- (Okres Český Krumlov) Spolí
- (Okres Prachatice) Spálenec
- (Okres Prachatice) Solná Lhota
- (Okres Písek) Sochovice
- (Okres České Budějovice) Sobětice
- (Okres Písek) Soběšice
- (Okres Písek) Sobědražské Břehy
- (Okres Písek) Sobědraž
- (Okres Tábor) Smyslov
- (Okres Písek) Smrkovice
- (Okres Tábor) Smrkov
- (Okres Český Krumlov) Smrhov
- (Okres Jindřichův Hradec) Smítka
- (Okres Strakonice) Smiradice
- (Okres České Budějovice) Smilovice
- (Okres Prachatice) Smědeček
- (Okres Prachatice) Smědeč
- (Okres Český Krumlov) Slupenec
- (Okres Český Krumlov) Slupečná
- (Okres Prachatice) Slunečná
- (Okres Český Krumlov) Skubice
- (Okres Strakonice) Sloučín
- (Okres Písek) Slavoňov
- (Okres Tábor) Slavňovice