Š
- (Vilkaviškis District Municipality) Šilsodis
- (Vilkaviškis District Municipality) Švitrūnai
- (Vilkaviškis District Municipality) Šačkai
- (Vilkaviškis District Municipality) Švarpliškiai
- (Vilkaviškis District Municipality) Šiaudiniškiai
- (Vilkaviškis District Municipality) Šapalai
- (Sakiai) Šiurpiškiai
- (Sakiai) Šunkariai
- (Sakiai) Šarvininkiškė
- (Sakiai) Šlišai
- (Sakiai) Šilgaliai
- (Sakiai) Šikšniai
S
- (Vilkaviškis District Municipality) Skriaudupis
- (Vilkaviškis District Municipality) Staugaičiai
- (Vilkaviškis District Municipality) Skardupiai
- (Sakiai) Sabijonai
- (Sakiai) Skarbūdis
- (Sakiai) Simokai
- (Vilkaviškis District Municipality) Smilgiai
- (Vilkaviškis District Municipality) Steponai
- (Vilkaviškis District Municipality) Smalinyčia
- (Vilkaviškis District Municipality) Serdokai
- (Vilkaviškis District Municipality) Seštiniai
- (Sakiai) Stoškai
- (Vilkaviškis District Municipality) Sūdava
- (Sakiai) Skardupiai
- (Sakiai) Storiūkai
- (Sakiai) Striūpai
- (Sakiai) Starkai
- (Sakiai) Skardupiai