Š
- (Kazlų Rūda Municipality) Šarabūde
- (Vilkaviškis District Municipality) Šakiai
- (Kalvarija Municipality) Šarkyčia
- (Kalvarija Municipality) Šarkis
- (Kalvarija Municipality) Šaltieji Šaltiniai
- (Vilkaviškis District Municipality) Šulai
- (Vilkaviškis District Municipality) Šeškiniai
- (Marijampolė Municipality) Širvydai
- (Kalvarija Municipality) Šleinės
S
- (Vilkaviškis District Municipality) Stulgeliai
- (Sakiai) Svaiginiai
- (Sakiai) Sakalai
- (Kalvarija Municipality) Senabūdis
- (Kalvarija Municipality) Sabaliavas
- (Kalvarija Municipality) Sauselis
- (Kalvarija Municipality) Smalninkai
- (Marijampolė Municipality) Siberija
- (Marijampolė Municipality) Steiniškiai
- (Kalvarija Municipality) Smalnyčėnai
- (Kalvarija Municipality) Saulėgrąžiai
- (Kalvarija Municipality) Skaisteliai
- (Kalvarija Municipality) Skaisčiai
- (Vilkaviškis District Municipality) Strazdinė
- (Vilkaviškis District Municipality) Silbaliai
- (Vilkaviškis District Municipality) Sodėnai
- (Vilkaviškis District Municipality) Stolaukėlis
- (Vilkaviškis District Municipality) Skerpieviai
- (Vilkaviškis District Municipality) Santara
- (Vilkaviškis District Municipality) Stirniškiai
- (Vilkaviškis District Municipality) Skroblai