S
- (Lazdijai) Smarliūnai
- (Alytaus rajonas) Skraičionys
- (Lazdijai) Skovagaliai
- (Alytaus rajonas) Skabeikiai
- (Alytaus rajonas) Silgionys
- (Varėna) Senosios Naniškės
- (Lazdijai) Seirijai
- (Lazdijai) Seiliūnai
- (Alytaus rajonas) Savilionys
- (Alytaus rajonas) Savilionys
- (Varėna) Sarkajiedai
- (Varėna) Sarapiniškės
- (Varėna) Sapiegiškė
- (Alytaus rajonas) Santaika
- (Lazdijai) Smalininkai
- (Lazdijai) Salos
- (Alytaus rajonas) Sabališkės
- (Varėna) Strėžiūnai
- (Alytaus rajonas) Simnas