S
- (Alytaus rajonas) Spernia
- (Lazdijai) Straigiškė
- (Lazdijai) Staigūnai
- (Lazdijai) Spartai
- (Lazdijai) Silaičiai
- (Alytaus rajonas) Strimina
- (Lazdijai) Sutrė
- (Lazdijai) Sabinavas
- (Lazdijai) Straigiai
- (Lazdijai) Sakniava
- (Alytaus rajonas) Seimeniškiai
- (Lazdijai) Seirijočiai
- (Alytaus rajonas) Saulėnai
- (Alytaus rajonas) Skituriai
- (Alytaus rajonas) Sapatiškės
- (Alytaus rajonas) Svirniškės
- (Varėna) Senovė
- (Varėna) Spyriai
- (Varėna) Samūniškės
- (Alytaus rajonas) Slabadėlė
- (Alytaus rajonas) Saukėnai
- (Alytaus rajonas) Skirgailiai
- (Alytaus rajonas) Sala
- (Varėna) Savulkos
- (Alytaus rajonas) Stražiškės
- (Alytaus rajonas) Strazdinė