S
- (Alytaus rajonas) Strielčiai
- (Alytaus rajonas) Skernė
- (Alytaus rajonas) Silvanava
- (Alytaus rajonas) Slavinčiškės
- (Alytaus rajonas) Staniava
- (Varėna) Stoniūnai
- (Varėna) Sokonys
- (Varėna) Slabodka
- (Varėna) Smalninkai
- (Varėna) Strielčiškės
- (Alytaus rajonas) Statkiškės
- (Varėna) Salos
- (Alytaus rajonas) Stanuliškės
- (Varėna) Senoji Varėna
- (Varėna) Sukarepka
- (Alytaus rajonas) Sudvariškės
- (Alytaus rajonas) Sudvajai
- (Varėna) Subartonys
- (Lazdijai) Strumbagalvė
- (Druskininkai) Stračiūnai
- (Lazdijai) Stebuliai
- (Lazdijai) Statiškė
- (Varėna) Salovartė
- (Druskininkai) Snaigupė