S
- (Kabupaten Halmahera Utara) Sasur
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Sangkuangklano
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Sangkuangklano
- (Kota Ternate) Sango
- (Kabupaten Pulau Morotai) Sangowo
- (Kota Ternate) Sanoto Kecil
- (Kabupaten Halmahera Barat) Sarau
- (Kabupaten Halmahera Barat) Saria
- (Kota Tidore Kepulauan) Sarimuli
- (Kabupaten Halmahera Barat) Sasu
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Sanggawile
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Sajoang
- (Kabupaten Halmahera Tengah) Sebonpopo
- (Kabupaten Halmahera Tengah) Sagea
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Sekom
- (Kota Tidore Kepulauan) Seli
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Semo
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Sepi
- (Kabupaten Halmahera Tengah) Sepo
- (East Halmahera Regency) Saluan
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Sekonda
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Sabaleh
- (Kabupaten Pulau Morotai) Sabatai Baru
- (Kabupaten Pulau Morotai) Sabatai Tua
- (Kabupaten Halmahera Barat) Sahu
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Saketa
- (Kota Ternate) Saki
- (Kabupaten Pulau Morotai) Sakita
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Sesepe
- (Kabupaten Halmahera Utara) Salube