S
- (Kabupaten Halmahera Utara) Saluta
- (Kabupaten Pulau Taliabu) Samada
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Samat
- (Kabupaten Pulau Morotai) Sambiki
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Samsuma
- (Kabupaten Pulau Taliabu) Samuya
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Sangapati
- (Kota Tidore Kepulauan) Sumahode
- (Kota Tidore Kepulauan) Sofang
- (Kota Tidore Kepulauan) Sokimabate
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Soma
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Songa
- (East Halmahera Regency) Soot
- (Kabupaten Pulau Morotai) Sopi
- (Kabupaten Halmahera Tengah) Sosowomo
- (Kota Tidore Kepulauan) Sosuo
- (Kota Ternate) Sulamadaha
- (Kabupaten Pulau Taliabu) Sofan
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Supai
- (Kabupaten Halmahera Utara) Supu
- (Kabupaten Halmahera Barat) Surabi
- (Kota Tidore Kepulauan) Suru-malau
- (Kota Tidore Kepulauan) Soasio
- (Kabupaten Pulau Morotai) Saminyamau
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Sawanakan
- (Kota Tidore Kepulauan) Sirongo Folaraha
- (East Halmahera Regency) Soakimalaha
- (Kabupaten Halmahera Utara) Sewi
- (Kabupaten Halmahera Barat) Sidangoli
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Sidenga