S
- (Kabupaten Pulau Morotai) Siki Ma Doko
- (Kota Ternate) Siko
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Silang
- (Kota Tidore Kepulauan) Sinopa
- (Kabupaten Halmahera Utara) Sinyingmayeku
- (Kota Tidore Kepulauan) Sisimatio
- (East Halmahera Regency) Sosolat
- (Kabupaten Halmahera Utara) Soakonora
- (Kabupaten Halmahera Utara) Soakukum
- (Kabupaten Halmahera Utara) Soanmaitik
- (East Halmahera Regency) Soasangaji
- (Kabupaten Halmahera Utara) Soasangaji
- (Kabupaten Halmahera Barat) Soasangaji-borona
- (Kabupaten Halmahera Utara) Soatabaru
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Sobobe