Š
- (Sakiai) Šukėtai
- (Sakiai) Šėtijai
- (Marijampolė Municipality) Šlavanta
- (Marijampolė Municipality) Šernai
- (Kazlų Rūda Municipality) Šinkaviškis
- (Kazlų Rūda Municipality) Šimėkai
- (Marijampolė Municipality) Šventragis
- (Sakiai) Švarpliai
- (Marijampolė Municipality) Šunskai
- (Vilkaviškis District Municipality) Šūkliai
- (Vilkaviškis District Municipality) Šukiai
- (Sakiai) Šukėtėliai
- (Sakiai) Šukėtai
S
- (Sakiai) Suopiai
- (Sakiai) Sabališkiai
- (Sakiai) Svirgalai
- (Sakiai) Skardupiai
- (Sakiai) Sutkiškiai
- (Marijampolė Municipality) Sala
- (Marijampolė Municipality) Skesbaliai
- (Kazlų Rūda Municipality) Subačiškės
- (Sakiai) Senieji Vedegiškiai
- (Kalvarija Municipality) Svidiškiai
- (Vilkaviškis District Municipality) Suvalkai
- (Sakiai) Sutkai
- (Kalvarija Municipality) Sūsninkai
- (Marijampolė Municipality) Surgučiai
- (Sakiai) Suodžiai
- (Sakiai) Sudargas
- (Sakiai) Stugučiai