Y
- (Amakusa Shi) Yakeno
- (Amakusa Shi) Yokohama
- (Amakusa Shi) Yamagawa
- (Amakusa Shi) Yokomine
- (Amakusa Shi) Yamaura
- (Amakusa Shi) Yokosu
- (Amakusa Shi) Yamaura
- (Amakusa Shi) Yamaura
- (Amakusa Gun) Yananosako
- (Kamiamakusa Shi) Yashikiyama
- (Kamiamakusa Shi) Yamashita
- (Kamiamakusa Shi) Yorifune
- (Amakusa Shi) Yamaura
- (Amakusa Shi) Yamanita
- (Kamiamakusa Shi) Yamanonaka
- (Kamiamakusa Shi) Yakeo
- (Kamiamakusa Shi) Yamada
- (Kamiamakusa Shi) Yamaguchi
- (Kamiamakusa Shi) Yatsutsuji
- (Kamiamakusa Shi) Yokomichi
- (Kamiamakusa Shi) Yamada
- (Amakusa Gun) Yashiki
- (Arao Shi) Yamaura
- (Arao Shi) Yamato
- (Arao Shi) Yotsuyamamachi
- (Tamana Shi) Yokoshimamachi-kyōei
- (Tamana Shi) Yokoshimamachi-yokoshima
- (Tamana Shi) Yokoshimamachi-ōzono
- (Tamana Shi) Yunoura
- (Tamana Shi) Yokouchi