Y
- (Tamana-gun) Yaeimaru
- (Tamana-gun) Yotsuyama
- (Tamana-gun) Yotsuhara
- (Tamana-gun) Yonada
- (Tamana-gun) Yamatsuki
- (Kōshi Shi) Yunohata
- (Kōshi Shi) Yokomachi
- (Kuma-gun) Yanagihara
- (Kuma-gun) Yunoharu
- (Kuma-gun) Yunoda
- (Kuma-gun) Yokoo
- (Minamata Shi) Yunoko
- (Minamata Shi) Yabatake
- (Minamata Shi) Yamatechō
- (Minamata Shi) Yudo
- (Yatsushiro Shi) Yatsushiro
- (Kuma-gun) Yuyama
- (Kuma-gun) Yutorino
- (Minamata Shi) Yunotsuru-onsen
- (Kumamoto Shi) Yuge
- (Minamata Shi) Yude
- (Kamiamakusa Shi) Yotsugama
- (Kamiamakusa Shi) Yanagi
- (Kuma-gun) Yunomae
- Yatsushiro
- (Yamaga Shi) Yamaga