Y
- (Kikuchi Shi) Yakushi
- (Kikuchi-gun) Yagogawa
- (Aso-shi) Yamazaki
- (Aso-shi) Yuyama
- (Aso-shi) Yunoura
- (Aso-shi) Yamada
- (Aso-shi) Yakuinbaru
- (Aso-shi) Yamashita
- (Aso-shi) Yorikazu
- (Aso-shi) Yūjaku
- (Aso-shi) Yamasaki
- (Kikuchi Shi) Yukino
- (Aso-shi) Yamada
- (Aso-shi) Yoshigaudo
- (Kumamoto Shi) Yamashita
- (Kamimashiki-gun) Yokono
- (Kamimashiki-gun) Yase
- (Kamimashiki-gun) Yashiki
- (Shimomashiki-gun) Yasukake
- (Shimomashiki-gun) Yanagidani
- (Shimomashiki-gun) Yamaguchi
- (Shimomashiki-gun) Yamaide
- (Shimomashiki-gun) Yamase
- (Shimomashiki-gun) Yoshigimi
- (Shimomashiki-gun) Yui
- (Shimomashiki-gun) Yōrai
- (Kamimashiki-gun) Yamanaka
- (Kamimashiki-gun) Yamaguchi
- (Kamimashiki-gun) Yunoki
- (Kamimashiki-gun) Yamanaka