Y
- (Yatsushiro-gun) Yoshimoto
- (Yatsushiro-gun) Yanaginoe
- (Kumamoto Shi) Yamanoue
- (Kumamoto Shi) Yamashiro
- (Kumamoto Shi) Yonai
- (Kumamoto Shi) Yokoo
- (Kumamoto Shi) Yoshimatsu
- (Kumamoto Shi) Yamamotobashi
- (Kumamoto Shi) Yamaguchi
- (Kumamoto Shi) Yomogimachi
- (Kumamoto Shi) Yamamuro
- (Kumamoto Shi) Yunoki
- (Kumamoto Shi) Yamaguchi
- (Kumamoto Shi) Yokoyama
- (Kumamoto Shi) Yakeno
- (Kumamoto Shi) Yunotani
- (Kumamoto Shi) Yashima
- (Kumamoto Shi) Yashimamachi
- (Kumamoto Shi) Yokote
- (Kumamoto Shi) Yakuenchō
- (Kumamoto Shi) Yoyasumachi
- (Kumamoto Shi) Yoshiwaramachi
- (Kumamoto Shi) Yugemachi
- (Kumamoto Shi) Yamajiri
- (Kumamoto Shi) Yamanokami
- (Kumamoto Shi) Yamanouchi
- (Kumamoto Shi) Yayamachi
- (Kumamoto Shi) Yahata
- (Kumamoto Shi) Yonban
- (Kikuchi Shi) Yubune