M
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Makeang
- (Kabupaten Halmahera Barat) Maritango
- (Kabupaten Halmahera Barat) Marimabate
- (Kota Ternate) Marikrubu
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Marikoko
- (Kota Tidore Kepulauan) Mareko
- (Kota Tidore Kepulauan) Marama-ake
- (Kabupaten Pulau Taliabu) Mantarara
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Mangoli
- (Kabupaten Halmahera Utara) Mamuya
- (Kabupaten Halmahera Utara) Mamuya
- (East Halmahera Regency) Mamin
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Mamang
- (Kabupaten Halmahera Utara) Malifut
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Malapa
- (Kabupaten Halmahera Barat) Maritobotobo
- (Kabupaten Halmahera Utara) Majid
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Mailowa
- (Kota Tidore Kepulauan) Maidi
- (Kota Tidore Kepulauan) Mafutifa
- (Kota Tidore Kepulauan) Mafumatiti
- (Kota Tidore Kepulauan) Mafugoya
- (Kota Tidore Kepulauan) Maftutu
- (Kota Tidore Kepulauan) Mafkoko
- (Kota Ternate) Mado
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Majabi
- (Kabupaten Pulau Taliabu) Mahimbuhin
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Manahalik
- (Kabupaten Halmahera Utara) Miti
- (East Halmahera Regency) Miaf