M
- (East Halmahera Regency) Marimoi
- (Kota Tidore Kepulauan) Maitara
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Matuting Tanjung
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Muari
- (Kabupaten Pulau Morotai) Morotai Island
- (Kabupaten Halmahera Tengah) Moreala
- (Kota Ternate) Mongi
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Moncowari
- (Kabupaten Pulau Morotai) Momojiu
- (Kabupaten Halmahera Utara) Momoda
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Molbufa
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Mokara
- (East Halmahera Regency) Mabapura
- (Kabupaten Pulau Morotai) Misio
- (Kabupaten Pulau Morotai) Mira
- (East Halmahera Regency) Minamin
- (Kabupaten Halmahera Tengah) Mesa
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Mendawong
- (Kabupaten Pulau Taliabu) Menange
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Meloku
- (Kabupaten Halmahera Utara) Mede
- (Kabupaten Halmahera Utara) Mawea
- (Kabupaten Halmahera Barat) Matui
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Matangtengin
- (Kota Tidore Kepulauan) Masifo
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Marituso