W
- Wonosari
- (Kabupaten Kulon Progo) Wonorejo
- (Kabupaten Gunungkidul) Wonolagi
- (Kabupaten Gunungkidul) Wirik
- (Kabupaten Gunungkidul) Wiladeg
- (Kabupaten Kulon Progo) Watumurah
- (Kabupaten Kulon Progo) Watubelah
- (Kabupaten Gunungkidul) Wareng
- (Kabupaten Bantul) Wanujoyo Kidul
- (Kabupaten Bantul) Waluadeg
- (Kabupaten Gunungkidul) Wangon
- (Kabupaten Sleman) Watubalik
- (Kabupaten Sleman) Wukirharjo
- (Kabupaten Sleman) Watugudeg
- (Kabupaten Gunungkidul) Watupayung
- (Kabupaten Gunungkidul) Watugajah
- (Kabupaten Gunungkidul) Watulawang
- (Kabupaten Sleman) Watukangsi
- (Kabupaten Bantul) Watuloreng
- (Kabupaten Gunungkidul) Watupasar
- (Kabupaten Gunungkidul) Warurejo
- (Kabupaten Gunungkidul) Wareng
- (Kabupaten Gunungkidul) Wungurejo
- (Kota Yogyakarta) Wirogunan
- (Kabupaten Bantul) Wonocatur
- (Kabupaten Sleman) Watuades
- (Kota Yogyakarta) Warungboto
- (Kota Yogyakarta) Winong
- (Kabupaten Bantul) Wiyoro
- (Kabupaten Bantul) Wiyoro Kidul