W
- (Kabupaten Bantul) Wanujoyo Lor
- (Kota Yogyakarta) Wirosaban
- (Kabupaten Bantul) Wojo
- (Kabupaten Bantul) Watukempul
- (Kabupaten Bantul) Wirokerten
- (Kabupaten Bantul) Watugajah
- (Kabupaten Bantul) Watugupit
- (Kabupaten Gunungkidul) Waduk
- (Kabupaten Gunungkidul) Watukandang
- (Kabupaten Bantul) Watutekek
- (Kabupaten Bantul) Wonokromo Dua
- (Kabupaten Gunungkidul) Wonosari
- (Kabupaten Kulon Progo) Wonobroto
- (Kabupaten Gunungkidul) Wero
- (Kabupaten Gunungkidul) Wakul
- (Kabupaten Kulon Progo) Wonolopo
- (Kabupaten Bantul) Wijirejo
- (Kabupaten Gunungkidul) Wukirsari
- (Kabupaten Bantul) Wonolopo
- (Kabupaten Gunungkidul) Winong
- (Kabupaten Gunungkidul) Wareng Satu
- (Kabupaten Gunungkidul) Wareng Dua
- (Kabupaten Gunungkidul) Wakilan
- (Kabupaten Gunungkidul) Wareng Tiga
- (Kabupaten Gunungkidul) Wareng Empat
- (Kabupaten Bantul) Warungpring
- (Kabupaten Bantul) Wonodoro
- (Kabupaten Gunungkidul) Wiyoko Utara
- (Kabupaten Gunungkidul) Wiyoko Tengah
- (Kabupaten Gunungkidul) Wiyoko Selatan