S
- (Okres Tábor) Skalice nad Lužnicí
- (Okres Písek) Svučice
- (Okres Tábor) Svoříž
- (Okres Prachatice) Svojnice
- (Okres Strakonice) Svobodka
- (Okres Český Krumlov) Svitanov
- (Okres Prachatice) Sviňovice
- (Okres Prachatice) Svinná Lada
- (Okres Tábor) Svinky
- (Okres Strakonice) Svinětice
- (Okres Český Krumlov) Svíba
- (Okres České Budějovice) Světví
- (Okres Jindřichův Hradec) Světlá
- (Okres Český Krumlov) Svéraz
- (Okres České Budějovice) Svébohy
- (Okres Český Krumlov) Svatonina Lhota
- (Okres Písek) Svatonice
- (Okres Písek) Svatkovice
- (Okres Jindřichův Hradec) Svatá Maří Magdalena
- (Okres Prachatice) Svatá Magdalena
- (Okres Písek) Svatá Anna
- (Okres Strakonice) Svaryšov
- (Okres Český Krumlov) Svánkov
- (Okres Český Krumlov) Svachova Lhotka
- (Okres Český Krumlov) Suš
- (Okres Jindřichův Hradec) Sumrakov
- (Okres Prachatice) Sudslavice
- (Okres Tábor) Sudoměřice u Tábora
- (Okres Tábor) Sudoměřice u Bechyně