- Dřiteň
- Droužetice
- Drunče
- Dubičné
- Dubné
- Dunajovice
- Dvory nad Lužnicí
- Dyjice
- Dynín
- Dolní Kněžeklady
- Dolní Poříčí
- Dolní Skrýchov
- Dachov
- Daleké Popelice
- Další Lhota
- Dančovice
- Dasnýy
- Děbolín
- Debrník
- Dědice
- Dědovice
- Dehtáře
- Děkanské Skaliny
- Desky
- Dlouhá Stropnice
- Dlouhá Ves
- Dlouhý Bor
- Dluhoště
- Dmýštice
- Dobčice