S
- San Pedro de Chanta
- Singa
- Sallapata
- (Huacaybamba) Sinay
- (Provincia de Marañón) Shumacpampa
- (Provincia de Huánuco) Santa María del Valle
- (Provincia de Marañón) Santa Cruz
- (Provincia de Huánuco) San Miguel
- (Provincia de Huánuco) San Luis
- (Provincia de Huánuco) San Juan de Cochero
- (Provincia de Leoncio Prado) San Carlos
- (Lauricocha) Sallapata
- (Provincia de Huánuco) Sirabamba
- (Provincia de Leoncio Prado) San Miguel
- (Provincia de Leoncio Prado) Santa Martha
- (Provincia de Leoncio Prado) Saipai
- (Provincia de Leoncio Prado) San Martín
- (Huacaybamba) Santo Domingo
- (Provincia de Huamalíes) Sachavaca
- (Lauricocha) Santa Rosa
- (Provincia de Huánuco) San Francisco de Llamapashillon
- (Provincia de Huánuco) Sera Ucru
- (Provincia de Huánuco) Shiracapata
- (Provincia de Ambo) Sanca Racra
- (Provincia de Huánuco) Shalla Marca
- (Provincia de Huánuco) Sogoragra
- (Provincia de Huánuco) Shunturcancha
- (Provincia de Huánuco) Suyomachay
- (Provincia de Ambo) Shiricucho
- (Provincia de Ambo) Shushunya