- Eleodoro Castillo
- Émbaro
- Emiliano Zapata
- Emir
- Encarnación Garay (Colonia Encarnación Garay)
- Encino Amarillo
- Encino Amarillo (El Encino)
- Encino de Cuchara
- Encino Prieto
- Encino Prieto
- Encino Solo
- Enramadas
- Entrada de las Peñitas (La Bomba de Riego)
- Epazote
- Escalerilla
- Escalerilla Lagunas
- Escuchapa
- Escuinapa
- Esperanza Buenavista
- Espinalillo
- Espinalillo
- Espinalillo del Tenante
- Espino Blanco
- Esquipula
- Estación Toro Muerto
- Estate
- Estero Colorado
- Estero Colorado
- Estero del Marquez (Cachumbo)
- Estero Dulce