- Senadvaris
- Senieji Bajorai
- Seniškis II
- Senoji Katinautiškė
- Šepetiškis
- Serapiniškė
- Šerelinė
- Šeriai
- Šernupis
- Šėšėliai
- Šeštokiškės
- Šeštokiškės
- Šeštokiškiai
- Šešuoliai
- Šiaudinė
- Šiaudiniai
- Šiaudiniškis
- Šiaudiškiai
- Šiaudžiai
- Sibirka
- Sičiūnai
- Sidabrinė
- Sidabrinė
- Sidabrinės
- Sidariškės
- Šiekšteliai
- Šienraistis
- Siesartis
- Sietinė
- Sikariškiai