Š
- (Pasvalys) Šimoniai
- (Biržai) Šimneliškiai
- (Pasvalys) Šileikoniai
- (Panevėžys District Municipality) Šilai
- (Panevėžys District Municipality) Šilagalys
- (Kupiškis) Šiaudiniai
- (Panevėžys District Municipality) Šiaudinė
- (Rokiškis) Šetekšniai
- (Panevėžys District Municipality) Šeškai
- (Pasvalys) Šermukšniai
- (Kupiškis) Šepeta
- (Panevėžys District Municipality) Šambalioniai
- (Pasvalys) Šakarniai
- (Pasvalys) Šedeikoniai
S
- (Panevėžys District Municipality) Sidziūnai
- (Rokiškis) Sičiūnai
- (Kupiškis) Siauriai
- (Pasvalys) Sereikoniai
- (Pasvalys) Senkoniai
- (Rokiškis) Sėlynė
- (Pasvalys) Saudogala
- (Biržai) Satkūnai
- (Panevėžys District Municipality) Samanynė
- (Rokiškis) Salos
- (Pasvalys) Saločiai
- (Kupiškis) Salamiestis
- (Biržai) Svidžiai