R
- (Kalvarija Municipality) Reketija
- (Sakiai) Rudžiai
- (Kazlų Rūda Municipality) Rūdupis
- (Kalvarija Municipality) Rūdninkai
- (Marijampolė Municipality) Rudėnai
- (Kalvarija Municipality) Rūdelė
- (Vilkaviškis District Municipality) Rūda
- (Sakiai) Ročiškiai
- (Marijampolė Municipality) Riečiai
- (Sakiai) Rėžiūkai
- (Sakiai) Rėžgaliai
- (Vilkaviškis District Municipality) Rugiagėliai
- (Sakiai) Rėkeliai
- (Vilkaviškis District Municipality) Rėčiūnai
- (Kalvarija Municipality) Raudondvaris
- (Kalvarija Municipality) Raudeniškiai
- (Kalvarija Municipality) Raudenis
- (Vilkaviškis District Municipality) Rasiai
- (Vilkaviškis District Municipality) Rimavičiai
- (Sakiai) Ramoniškiai
- (Vilkaviškis District Municipality) Rakauskai
- (Kazlų Rūda Municipality) Račyliškė
- (Marijampolė Municipality) Raišupys
- (Vilkaviškis District Municipality) Rūkštėnai
- (Sakiai) Ramoniškiai
- (Sakiai) Raugalai
- (Sakiai) Rūgiai
- (Sakiai) Rogupiai
- (Sakiai) Ritiniai
- (Sakiai) Rygiškiai