Y
- (Kabupaten Merauke) Yeem
- (Kabupaten Merauke) Yawla
- (Kabupaten Merauke) Yawasi
- (Kabupaten Boven Digoel) Yat
- (Kabupaten Merauke) Yainom
- (Kabupaten Boven Digoel) Yauta
- (Kabupaten Mappi) Yeme
- (Kabupaten Merauke) Yaula
- (Kabupaten Mappi) Yamui
- (Kabupaten Asmat) Yipaye
- (Kabupaten Merauke) Yatum
- (Kabupaten Merauke) Yakau
- (Kabupaten Merauke) Yambuike
- (Kabupaten Merauke) Yanke
- (Kabupaten Boven Digoel) Yasibak
- (Kabupaten Merauke) Yee
- (Kabupaten Merauke) Yulbabuti
- (Kabupaten Merauke) Yetieprike
- (Kabupaten Merauke) Yuli
- (Kabupaten Merauke) Yabowo
- (Kabupaten Mappi) Yaman
- (Kabupaten Merauke) Ya Umboh
- (Kabupaten Mappi) Yaurun
- (Kabupaten Merauke) Yawali
- (Kabupaten Merauke) Yawimu
- (Kabupaten Merauke) Yera
- (Kabupaten Mappi) Yodom
- (Kabupaten Merauke) Yomob
- (Kabupaten Merauke) Yomuka
- (Kabupaten Merauke) Yos Sudarso Island