S
- (Kabupaten Maluku Tenggara) Suinrat
- (Kabupaten Maluku Tenggara) Sulaer
- (Kota Tual) Sermaaf
- (Kabupaten Maluku Tenggara Barat) Sifnama
- (Kabupaten Maluku Barat Daya) Sakir
- (Kabupaten Buru) Samalagi
- (Kabupaten Kepulauan Aru) Samang
- (Kabupaten Seram Bagian Barat) Samauru
- (Kabupaten Maluku Barat Daya) Sutiralan
- (Kabupaten Maluku Tenggara Barat) Sangliat
- (Kabupaten Maluku Tenggara) Sathean
- (Kabupaten Maluku Tenggara) Sather
- (Kabupaten Maluku Tenggara Barat) Saumlaki
- (Kabupaten Buru) Sawah
- (Kabupaten Maluku Tengah) Sawai
- (Kabupaten Seram Bagian Timur) Sekaru
- (Kabupaten Seram Bagian Timur) Selagor