W
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Waisipang Dua
- (East Halmahera Regency) Watam
- (East Halmahera Regency) Wasile
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Waringit
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Waring
- (Kabupaten Halmahera Utara) Wari Kecil
- (Kabupaten Halmahera Utara) Wari
- (Kabupaten Halmahera Utara) Wangeotak
- (Kabupaten Halmahera Tengah) Waleh
- (East Halmahera Regency) Wajoi
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Waisipang Satu
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Waya
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Waisabatang
- (East Halmahera Regency) Wailukom
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Wai Lower
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Wai
- (East Halmahera Regency) Waci
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Wayiha
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Waylau
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Waygoyeya
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Wayipa
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Wayatim
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Waytina
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Wining
- (Kabupaten Pulau Morotai) Wawama
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Wosnu
- (Kabupaten Halmahera Utara) Wosia
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Wosi
- (Kabupaten Halmahera Barat) Warawarat
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Wonto Koto