R
- (Kabupaten Halmahera Utara) Roko
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Ruta
- (Kota Tidore Kepulauan) Rum
- (Kabupaten Halmahera Utara) Ruko
- (Kota Tidore Kepulauan) Rube
- (Kota Ternate) Rua
- (Kabupaten Halmahera Utara) Rotong
- (Kota Tidore Kepulauan) Roi
- (Kota Tidore Kepulauan) Robodofo
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Rangaranga
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Rabodaio
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Rica
- (Kota Tidore Kepulauan) Rumutua