D
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Dihuru
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Dolit
- (Kabupaten Halmahera Utara) Dokulamo
- (Kabupaten Halmahera Utara) Doitia
- (Kabupaten Halmahera Utara) Dodowo
- (Kabupaten Halmahera Utara) Dodinga
- (East Halmahera Regency) Dodaga
- (Kota Ternate) Dobang
- (Kota Tidore Kepulauan) Ditilau
- (Kota Tidore Kepulauan) Dikitobo
- (Kabupaten Halmahera Utara) Dikang
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Dong
- (Kota Tidore Kepulauan) Dehepodo
- (Kabupaten Pulau Morotai) Dehegila
- (Kabupaten Pulau Taliabu) Dege
- (Kabupaten Halmahera Utara) Dedeta
- (Kabupaten Halmahera Utara) Daru
- (Kabupaten Halmahera Utara) Dama
- (Kabupaten Halmahera Utara) Dagasuli
- (Kabupaten Pulau Morotai) Daeo
- (Kabupaten Kepulauan Sula) Dahiakuba
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Dawongbebudo
- (Kabupaten Halmahera Tengah) Dote
- (Kabupaten Halmahera Barat) Duono
- (Kabupaten Halmahera Utara) Duma
- (Kota Ternate) Dufa Dufa
- (Kota Tidore Kepulauan) Doyado
- (Kabupaten Halmahera Selatan) Dowora
- (Kota Tidore Kepulauan) Dowora
- (Kabupaten Pulau Morotai) Dowongikokotu