S
- (Rõuge vald) Sitasilla
- (Võru vald) Savihoovi
- (Rõuge vald) Suumäe
- (Setomaa vald) Säpinä
- (Setomaa vald) Sammastu
- (Setomaa vald) Suurõ-Nedsäjä
- (Rõuge vald) Saagrimäe
- (Rõuge vald) Sikasuu
- (Rõuge vald) Soekõrdsi
- (Rõuge vald) Sandi
- (Rõuge vald) Saika
- (Rõuge vald) Sapi
- (Rõuge vald) Soomõoru
- (Rõuge vald) Sumbi
- (Setomaa vald) Sirgova
- (Võru vald) Savikunnu
- (Setomaa vald) Saarõpää
- (Setomaa vald) Samarina
- (Setomaa vald) Sekinä
- (Setomaa vald) Sor’ahkna
- (Setomaa vald) Simaski
- (Setomaa vald) Saetsuva
- (Setomaa vald) Solova
- (Setomaa vald) Suurõ-Kiislova
- (Rõuge vald) Siksälä
- (Võru vald) Soena
- (Võru vald) Saaremaa
- (Võru vald) Süväoja
- (Rõuge vald) Saagri
- (Rõuge vald) Saika