S
- (Toila vald) Sinivoore
- (Lüganuse vald) Satsu
- (Lüganuse vald) Salaküla
- (Alutaguse vald) Sillaotsa
- (Alutaguse vald) Sillataguse
- (Alutaguse vald) Suurküla
- (Lüganuse vald) Sope
- (Alutaguse vald) Soska
- (Alutaguse vald) Saare
- (Jõhvi vald) Sompa-Männiku
- (Alutaguse vald) Saarevälja
- (Narva-Jõesuu linn) Sininõmme
- (Lüganuse vald) Sala
- (Jõhvi vald) Sompa-Metsaserva
- (Toila vald) Servaääre
- (Kohtla-Järve linn) Sompa-Rutiku
- (Toila vald) Suttermu
- (Kohtla-Järve linn) Sikupilli
- (Kohtla-Järve linn) Suitsuküla
- (Alutaguse vald) Sahargu
- (Narva-Jõesuu linn) Sõtke
- (Narva-Jõesuu linn) Sundja
- (Alutaguse vald) Sõrumäe
- (Alutaguse vald) Sootaguse
- (Lüganuse vald) Soonurme
- (Alutaguse vald) Soompea
- (Alutaguse vald) Smolnitsa
- (Lüganuse vald) Sirtsi
- (Narva-Jõesuu linn) Sirgala
- (Alutaguse vald) Sälliku