S
- (Kose vald) Sae
- (Jõelähtme vald) Sahamõisa
- (Harku vald) Sooääre
- (Tallinn) Seljaku
- (Saue vald) Sauepargi
- (Rae vald) Suur-Vaskjala
- (Lääne-Harju vald) Sassi
- (Lääne-Harju vald) Suurküla
- (Lääne-Harju vald) Suurküla
- (Lääne-Harju vald) Suurküla
- (Lääne-Harju vald) Suurevalja
- (Kose vald) Suure-Särge
- (Kuusalu vald) Suurekõrve
- (Saue vald) Suurekivi
- (Saue vald) Suurearu
- (Kuusalu vald) Suru
- (Harku vald) Sõrve
- (Lääne-Harju vald) Soo-otsa
- (Anija vald) Soo-otsa
- (Anija vald) Soodla
- (Kiili vald) Sõmeru
- (Kiili vald) Sõgula
- (Kose vald) Saueaugu
- (Saue vald) Selgküla
- (Rae vald) Seli
- (Saue vald) Sepu
- (Kiili vald) Siberi
- (Kuusalu vald) Sigula
- (Saue vald) Siimika
- (Kose vald) Silmsi